Les voyages sont formellement déconseillés dans plusieurs régions de ce pays : Partie orientale de l'Etat de Sabah sur Bornéo.
A la suite des attentats de Bali du 12 octobre 2002 qui ont visé des touristes occidentaux, il est rappelé aux voyageurs qui souhaitent se rendre en Malaisie, que le risque d'acte terroriste international, même s'il n'a pas de précédent dans ce pays, ne peut être exclu.

Des ferries côtiers fréquents font la navette entre Penang et Butterworth et un service passagers régulier relie Port Kelang à Sarawak et Sabah. Les petits bateaux fluviaux constituent souvent le moyen de transport le plus pratique pour se déplacer dans l'est de la Malaisie, même dans les villes, et sont les seuls à relier les villages plus isolés (à moins d'avoir accès à un hélicoptère). Ces bateaux s'affrètent facilement, et les navettes et taxis fluviaux sont très nombreux.

La Keretapi Tanah Melayu Berhad ou KTM à Jalan Sultan (site internet : www.ktmb.com.my) exploite un réseau ferroviaire de près de 2 092 km. Les trains offrent trois classes : De Luxe ou Première Classe (avec fauteuils), Eksekutif ou Deuxième Classe (avec sièges en cuir rembourrés) et Ekonomi ou Troisième Classe (avec sièges en plastique rembourrés). Le train rapide de jour ‘Express Rakyat’ relie Singapour à Butterworth, avant de poursuivre sa route jusqu'en Thaïlande. Les trains express sont modernes, et certains sont équipés de voitures couchettes et restaurant. Certains trains sont climatisés. La Malaisie orientale compte une ligne de chemin de fer, connue par les voyageurs sous le nom de Chemin de fer de la Jungle, qui constitue la principale voie d'accès terrestre au Parc National de Taman Negara; elle longe la côte au départ de Kota Kinabalu (Sabah), puis rentre dans les terres au niveau d'une profonde vallée recouverte de jungle jusqu'à la petite ville de Tenom. Deux autres lignes principales offrent un service passagers. La première longe la côte ouest et part de Singapour pour relier au nord Kuala Lumpur et Butterworth, avant de rejoindre les chemins de fer thaïlandais à la frontière. La deuxième ligne s'écarte de la côte ouest au niveau de la ville de Gemas avant de se diriger vers le nord-est à destination de Kota Bharu et Tenom. Il existe également un service passagers assurant la liaison vers deux des ports maritimes malais - Penang et Padang Besar sur la côte ouest. Le KTM Komuter, un train de banlieue, relie Kuala Lumpur à Port Klang (ouest), Rawang (nord) et Seremban (sud). Sarawak ne compte pas de réseau ferroviaire.

On roule à gauche. La plupart des routes des états péninsulaires sont pavées et les pancartes indiquant les différentes destinations sont claires et bien placées. L'autoroute nord-sud, s'étendant sur 890 km de Bukit Kayu Hitam (à la frontière Kedah-Thaïlande) à Johor Bahru est aujourd'hui entièrement ouverte à la circulation depuis l'inauguration par le Sultan du dernier tronçon entre Tapah et Gopeng. Autocars : le réseau local d'autocars est étendu; il existe près de 1 000 lignes, avec des services réguliers dans et entre les principales villes. Des autocars tout terrain sont utilisés dans les régions rurales de Sabah et Sarawak. Trishaw : disponibles à Penang et Malacca, les trishaw sont bon marché pour les courtes distances. Le prix de la course doit être convenu au préalable. Taxis : les taxis à partager et classiques sont un moyen de transport rapide pour aller d'une ville à l'autre, mais les chauffeurs attendent souvent que le taxi soit plein avant de démarrer. Demandez aux chauffeurs de mettre le compteur en marche avant le départ. Un supplément de 50 % est appliqué entre minuit et 6 h et 1 RM est demandé en supplément pour les taxis réservés par téléphone. Des bons-taxis à prix fixes vers des destinations spécifiques peuvent être achetés à la gare ferroviaire de Kuala Lumpur et l'aéroport. Documentation : un Permis de Conduire International est exigé. Un permis de conduire national suffit, mais il doit être avalisé par le Bureau d'Enregistrement des Véhicules Motorisés de Malaisie.

Le stationnement au centre de Kuala Lumpur et des autres villes est limité aux places payantes avec ticket. Les transports en commun de Kuala Lumpur sont assurés par des bus conventionnels, des minibus à destinations fixes ‘Bas Mini’, ainsi que des taxis et pousse-pousse (trishaw) agréés par le Gouvernement. Les tarifs des bus varient, mais ceux des ‘Bas Mini’ sont fixes. Ces derniers sont utilisés pour les courtes distances, et sont souvent bondés. Le PUTRA Light Rail Transit (LRT) est un moyen rapide de se déplacer dans la ville et offre des liaisons vers les banlieues est et ouest de Kuala Lumpur. Les itinéraires et horaires sont indiqués dans les gares arborant le logo LRT.