Les voyages sont formellement déconseillés dans plusieurs régions de ce pays :
En raison de l'existence d'un banditisme armé, l'attention des voyageurs est attirée sur les risques d'agression existant au nord d'une ligne allant de Léré à Menaka (rive gauche du Niger) notamment dans les régions de Tombouctou (6ème région), Gao (7ème région) et Kidal (8ème région). Il est ainsi vivement conseillé, lorsque cela est possible, d'utiliser la voie aérienne pour gagner les villes du nord: Tombouctou, Menaka, Kidal, Niafunke, Goundam, etc.
Il est recommandé aux voyageurs se déplaçant en véhicule dans ces zones d'organiser leur voyage avec des agences spécialisées de la région, de se déplacer en convoi dans les zones isolées et d'informer de leurs déplacements les autorités locales, qui prendront les mesures appropriées.

Entre juillet et décembre, des liaisons hebdomadaires relient Bamako et Gao via Tombouctou sur le fleuve Niger. Mais à cause de la sécheresse qui règne dans le désert du Sahel, ces services sont quelquefois interrompus. Le voyage s'étend sur quelque 1 300 km et prend cinq à six jours. Entre décembre et mars, on ne peut voyager qu'entre Mopti et Gao. On peut manger sur les bateaux et louer des cabines de première classe à l'avance. Des pirogues et des pinasses à moteur (genre de barques à fond plat) sont proposées à la location entre Tombouctou et Mopti. Depuis l'achèvement du barrage de Manantali en 1988, on a poursuivi les travaux visant à améliorer la navigabilité du fleuve Sénégal.

Il existe une liaison quotidienne entre Bamako et Kayes, par la voie ferrée qui va jusqu'à Dakar sur la côte du Sénégal. Il y a deux trains, un malien et l'autre sénégalais - ce dernier étant nettement supérieur, avec climatisation et wagon-restaurant. Le chemin de fer est le mode de transport le plus important au Mali, loin devant les liaisons routières. Il existe aussi une liaison quotidienne qui relie Bamako et Koulikoro.

Les véhicules roulent à droite. Les routes maliennes sont de qualité moyenne à très mauvaise. La route principale va de Sikasso à Bamako, et à Mopti et Gao. Les routes reliant Bamako à Mopti, Douentza, Koutiala, Sikasso et Bougouni, ainsi qu'un petit nombre d'autres routes, sont pavées. Entre Mopti et Gao les déplacements peuvent s'avérer difficiles pendant la saison des pluies (de la mi-juin à la mi-septembre) lorsque le Niger, à son confluent avec la rivière Bani, se partage en un réseau de bras, et inonde ses rives pour former le bassin du Macina. Il y a de fréquents points de contrôle de la police et de la douane sur les routes principales et la conduite est particulièrement dangereuse de nuit. Bus : des services de bus relient les principales villes. Documents : le permis de conduire international est recommandé, bien que non exigé par la loi. Une attestation d'assurance et le carnet de passage sont également demandés.
Remarque : les visiteurs sont invités à rester sur les routes principales, autrement ils doivent circuler en convoi. Soyez particulièrement vigilants si vous voyagez de nuit. Les visiteurs ne doivent pas oublier qu'il y a eu récemment des incidents violents dans le nord du Mali et à la frontière avec la Mauritanie.

Taxis : les taxis collectifs dans les villes sont très bon marché. Ils pratiquent un tarif unique quelle que soit la distance parcourue et n'attendent pas de pourboire.