Israel posee una variada geografía, dando lugar a una rica gama de medios naturales que albergan una extensa gama de especies de animales y plantas.

El país presenta tres zonas claramente diferenciadas: hacia el este, por toda la franja fronteriza, la región de la sabana subtropical, donde se encuentra el Valle de Araba que se caracteriza por sus altas temperaturas, por sus extensas llanuras pobladas de acacias. Aquí pueden verse gacelas arábigas, gatos monteses, hienas, ratas de arenal, jerbillos, jerbos, camechuelos tromperos, suimangas palestinas y alondras ibis. Hacia el norte de la zona mediterránea, que se caracteriza por sus especies arbústivas se distinguen orquídeas, tojos, gladiolas, jaras y otras especies típicas de los carrascales. En esta zona hay que mencionar la presencia de la tortuga griega. Aquí puede verse una rica variedad de aves como cernícalos, currucas, jilgueros, tórtolas y golondrinas. El mamífero más destacado es la mangosta. Y hacia el sur, la estepa del Neguev, donde la característica predominante es la presencia del desierto y de las áridas estepas que dan lugar a gramíneas, terebintos (uno de los más antiguos de Tierra Santa), lirios negros y gamones. La fauna está representada por gacelas comunes, liebres, cornejas cenicientas, alcaravanes, ortegas, hubaras y cogujadas comunes, sin olvidar el temible lobo.

En Israel hay que destacar, además, los bellos "wuadis", impresionantes gargantas causadas por antiguos cursos de agua y que dan lugar a una flora efímera, según sean las precipitaciones pluviales. Se distinguen plantas parásitas, azufaifos (una planta muy espinosa), y la vegetación propia de los wuadis convertidos en palmerales. En cuanto a la fauna se distinguen la cabra de Nubia, damanes de roca, lagartos cola de látigo, moscaretas, cornejas, camachuelos y estorninos de Tristram.

En las aguas del Mediterráneo predominan los camarones, salmonetes, chicharros, salmonetes del Nilo, sargos, sardinas, bonito, caballas, mújol, mero, pez limón y sepias. No hay que olvidar, por otro lado, el espectacular arrecife de coral del Mar Rojo. Eilat constituye un privilegiado punto de observación de las aves migratorias, además de destacar por las cosechas de cítricos que han dado fama a Israel por sus innovadores sistemas de riego y técnicas de cultivo. Los "triunfadores del desierto" obtienen importantes cosechas de sandías, melones, pomelos, naranjas, uvas, melocotones, manzanas, pimientos, berenjenas, pepinos, tomates y aguacates.