Guinea-Bissau tiene una extensión de 36.125 kilómetros cuadrados, y limita al norte con Senegal, al este con Guinea, y al sur y al oeste con el océano Atlántico. Todo el territorio es bajo, excepto en el noreste, donde algunas extensiones de la meseta de Fout Djallon llegan a una altitud de 100 a 200 metros. A lo largo de la costa abundan los estuarios cenagosos y las rías. Forman parte del país el archipiélago de las Bissagos y otras islas frente a la costa. En el interior, el terreno se eleva gradualmente entre el río Geba y la frontera senegalesa.

Los principales ríos Cacheu, Mansoa, Geba, Corubal, Río Grande de Buba y Cacine son navegables por embarcaciones menores.