Es muy recomendable la profilaxis antimalaria. No se puede beber agua del grifo ni tomar alimentos sin cocinar y hay que tener especial cuidado con la bilarciosis en ríos y aguas estancadas.

Es aconsejable llevar un botiquín bien preparado con analgésicos, antiestamínicos, antidiarréicos, antibióticos, antisépticos, repelentes para insectos, lociones calmantes contra picaduras o alergias, vendas, tijeras, pinzas, termómetro y jeringuillas hipodérmicas.

Es recomendable viajar con un seguro médico y de asistencia. Para emergencias médicas o policiales se debe solicitar ayuda en las recepciones de los hoteles o en el consulado o embajada más próximo.

En la capital, Gaborone, existen hospitales y médicos de garantía. En las demás ciudades es más problemático. En el norte del país (el Delta del Okavango) es zona de malaria y de la mosca Tse-Tse, que provoca la llamada "enfermedad del sueño". La tasa de contagio del SIDA es la más alta del mundo. Se aconseja no realizar prácticas de riesgo.