Les voyages sont déconseillés dans plusieurs régions de ce pays : Aceh, Papouasie Occidentale, le sud des Moluques, Kalimantan, sauf pour raisons professionnelles impératives.
A Jakarta, l'attentat perpétré le 5 août 2003 contre l'Hôtel Marriott, est venu rappeler que les lieux fréquentés par les ressortissants étrangers peuvent constituer des cibles privilégiées pour des groupes terroristes, partiellement démantelés depuis le mois d'octobre 2002, mais qui conservent une capacité de nuisance.
Les autorités indonésiennes n'excluent pas la possibilité de nouveaux attentats. Il est donc vivement recommandé de faire preuve de vigilance lorsqu'ils se trouvent dans des lieux publics, centres commerciaux, hôtels internationaux, ainsi que dans des discothèques, bars ou habituellement fréquentés par des étrangers.

La compagnie de transport maritime PELINI, régie par l'état, dispose de six ferries modernes qui desservent tous les grands ports de l'archipel. Certains paquebots de croisière étrangers assurent également le service, mais de façon irrégulière. Des bateaux de luxe proposent des croisières vers plusieurs destinations, dont les îles de l'est (départ de Bali). Se renseigner auprès de Indonesia Tourism Promotion Office.

Sumatra, Madura et Java totalisent quelques 7000 km de voies ferrées. A Sumatra, les trains relient Belawan, Medan et Tanjong Balai/Rantu Prapet au nord (deux ou trois trains quotidiens), et Palembang et Panjang au sud (trois trains quotidiens). L'île de Java bénéficie d'un très vaste réseau ferré. Le Bima Express, avec wagons-couchettes et wagon-restaurant, relie Jakarta et Surabaya. Il existe également d'autres services express. Trois classes, mais seuls les principaux express disposent de première classe. Certains trains sont climatisés.

Circulation à gauche. Le réseau routier représente plus de 378 000 km, dont environ 28 500 km de routes principales ou nationales et 200 km d'autoroutes. La moitié du réseau est goudronnée. A Java, les communications routières sont bonnes, et, dans une moindre mesure, à Bali et à Sumatra aussi. On trouve facilement des voitures avec chauffeur. Les prix varient selon la destination. Bus : services interurbains réguliers presque partout. On peut aller de Jakarta à Bali en bus en deux jours. L'Indonésie est le pays du jam karet (littéralement ‘temps du caoutchouc’). Ne pas essayer de faire des trajets complexes (avec plus d'un changement) en une seule journée. Les prix des bus sont comparables à ceux de la troisième classe ferroviaire. Les véhicules sont souvent bondés, mais nombre d'entre eux sont climatisés. L'équipe de machinistes se compose de trois conducteurs qui font également office de revendeurs. Sur plusieurs trajets, il existe des bus de nuit ‘Bis Malam', en concurrence avec les trains. Réservation indispensable. Les grandes villes et les régions touristiques proposent aussi un service spécial de ‘travel minibuses', de porte à porte. Taxi : faciles à trouver dans toutes les grandes villes et dans certaines villes moyennes. Les taxis à compteur ne se trouvent habituellement que dans les grandes villes et zones touristiques. Les chauffeurs ont parfois une connaissance très limitée de la géographie locale et le passager doit les guider pour arriver à destination. Comme sur tous les véhicules de transport public, leurs plaques d'immatriculation sont jaunes (noires pour les véhicules privés et de location, rouges pour les véhicules officiels). Documents exigés : permis de conduire international. Autres formes de transport : deux types de rickshaws (tricycles) : une version motorisée orange vif, le bajaj (prononcé ‘baj-eye’), accommode deux passagers, avec le chauffeur à l'avant ; une version à traction humaine, le becak (prononcé ‘be-chak’) dans laquelle le conducteur pédale, assis derrière les 2 passagers (maximum). Négocier à l'avance le prix de la course. Très populaires et bon marché, les rickshaws peuvent se louer partout (sauf en centre ville à Jakarta, où les becaks sont interdits). Location à la journée ou à la semaine de motocyclettes et bicyclettes. Permis international conseillé pour les motocyclettes. Port du casque obligatoire. Les bemos et les colts, petits bus pouvant accommoder jusqu'à 10 passagers, s'affrêtent à la journée ou à la semaine pour les déplacements hors centre-ville. Négocier le prix à l'avance.

Jakarta est la seule ville disposant d'un service de bus digne de ce nom. Bus à deux-étages.