Algunas líneas aéreas como Aeroflot, Air France, Air Tanzania o Ethiopian Airlines, Yemenia tienen vuelos a la capital. La compañía aérea nacional es Puntavia Air Service de Yibuti, que ofrece vuelos a Ali Sabieth, Tadjoura y Obock. No hay autobuses hasta el Aeropuerto Internacional Yibuti-Ambouti a a 5 kilómetros del centro de la ciudad, pero hay taxis a precio fijo y variable.

Pequeños barcos salen desde y#8220;L'Escaley#8221; en Yibuti en un servicio hacia las localidades de Tadjoura y Obock, en la costa norte de la Bahía de Tadjoura. Salen a primera hora de cada tarde y retornan a primera hora de la mañana.

El ferrocarril Yibuti-Addis Ababa es muy utilizado para llegar a Ali Sabieh, la última ciudad importante antes de llegar a la frontera con Etiopía. Los trenes parten de Yibuti sólo por las mañanas, suelen ir bastante llenos y son muy lentos. Los billetes de primera garantizan un asiento, y en los de tercera no existen.

La red de carreteras del país enlaza todas las localidades importantes con la capital. El alquiler de coches es bastante caro.

La estación de autobuses de la capital está muy céntrica. Suelen salir sólo cuando están llenos, por lo que es normal tener que esperar antes de poder partir. Hay que tener en cuenta que normalmente sólo cubren las regiones del Oeste y del Sur, pero no la zona Norte, la de la Bahía de Tadjoura.

Los hay de tarifa fija desde y hasta el aeropuerto de la capital, los de color verde. En los demás hay que negociar el precio antes de partir.