Las Líneas Aéreas de Portugal TAP vuelan de Lisboa a Santo Tomé vía Dakar y Abidján. También se puede volar a Santo Tomé desde Libreville Gabón con Air San Tomé. Las Líneas Aéreas de Angola TAAG vuelan desde Luanda a Lisboa vía Santo Tomé. Ecuatorial Airlines vuela de Santo Tomé a Príncipe

Cada cinco días hay un transbordador entre Santo Tomé y Libreville. También hay dos rutas al mes entre Santo Tomé y Douala, en Camerún.

Las carreteras de Santo Tomé son malas y los autobuses van despacio, pero hay servicios que cubren casi todas las ciudades de la isla de Santo Tomé. El auto-stop es el recurso más fácil, y basta con parar con un gesto, cualquier coche que lleve un espacio vacío.