El río Níger es el creador de la vida natural del país. Su caudal varía según las estaciones, durante los meses de julio a enero sus terrosas aguas inundan parte del territorio central del país y bendice las tierras con un limo que convierte en fértiles las tierras cercanas a su curso. El delta interior del río se extiende desde el Mopti hasta el lago Debo. Esta zona es el hábitat de numerosas especies de insectos y aves. Entre su fauna avícola hay que destacar la presencia del martín pescador. En algunos lugares, principalmente al borde de los ríos, la vegetación es tan alta que impide ver las aldeas, sobre todo después de las lluvias. Antes de la sequía crece deprisa el sorgo, el mijo, las chufas o los cacahuetes. El paisaje verde que se puede disfrutar en esta parte del país y contrasta con la zona sahariana, al norte, donde sólo se pueden ver parajes desérticos desoladores. Otra variedad paisajística que ofrece el territorio de Malí es la sabana arbórea y arbustiva, que tiene en el Parque Nacional de Baulé su máxima representación. Este parque es el más afamado de Malí, se localiza a unos 120 kilómetros de distancia de Bamako y a él se accede desde la localidad de Missira. El parque de Boucle du Baule abarca una superficie de 771.000 hectáreas que también incluye la reserva de Fina y la reserva de Kangassambugu. La variedad paisajística de este paraíso natural ofrece la posibilidad de disfrutar de la fauna y la flora típica de hábitats como el bosque o la sabana. La vida animal en estos lugares es también variada. En la zona de Bamako, que corresponde a la sabana, se puede encontrar la típica fauna de este medio tal como elefantes, leones, leopardos, guepardos, hienas, y serpientes de gran tamaño. En los desiertos abundan los dromedarios. En los límites del Parque Nacional de Baulé se pueden ver jirafas, búfalos, babuinos, leones, panteras, antílopes gigantes (elan derby) y chimpancés. La mejor época del año para visitar el parque y disfrutar de la presencia de estos animales es durante los meses de enero abril. Se recomienda recorrer este paraje natural en un vehículo todo-terreno y en la época seca.

Otros de los espacios protegidos que merece la pena visitar son la pequeña reserva de Ansongo-Menaka y Duentza, paraíso de los escaladores. En este último hábitat sahariano se puede ver a una importante colonia de elefantes.