Ha sufrido la influencia del hombre; el bosque tropical lluvioso que antes ocupaba vastas extensiones se ha ido convirtiendo en agricultura itinerante. En las colinas cercanas al mar, hay una vegetación secundaria de sabaka y ravenala. En las tierras altas las formaciones vegetales han desplazado a la sabana arbolada de palmeras y baobads.

A lo largo de algunos ríos surge el bosque tropical que antiguamente estaba cubierto de selvas muy tupidas.

La fauna presenta elementos distintos a la región etíope. Los animales de gran tamaño que se encuentran en Africa no se encuentran en Madagascar. Se caracteriza por elementos que no se encuentran en otras partes del mundo; son exclusivas las familias de los índridos, lemúridos y el famoso aye-aye.

Una de las reservas naturales más interesantes es la de Tsingy de Bemaraha.