Kirguizistán tiene una extensión de 198.500 kilómetros cuadrados, de los que el 94% son montañas. la altura media del territorio kirguís es de 2750 metros; el 40% se encuentra a una altura superior a los 3.000 metros, con tres cuartos de los mismos siempre bajo nieve o glaciares. La principal cordillera es la Tian Shan, que forma una imponente frontera natural con China. Sobresale en ella el pico Pik Pobedy, de 7439 metros, el segundo más alto de las ex repúblicas soviéticas.

Kirguizistán limita al norte con Uzbekistán, al este con Turkmenistán y Tayiquistán, y al sur de nuevo con Tayiquistán y con China.