Con un clima tan cálido como el de Indonesia, en casi todas las zonas crece abundantemente la vegetación. El país cuenta con una excepcional diversidad de plantas y de hecho, los Jardines Botánicos de Bogor, son famosos en todo el mundo. Entre los arbustos importantes se encuentra el bambú y el árbol de teca, sin olvidar los abundantes y variados árboles frutales, como el plátano o el mango.

A lo largo de la franja costera, la vegetación típica se manifiesta en forma de mangles y marismas que, en las tierras más firmes del interior, ceden el paso a las selvas tropicales. Son éstas las que recubren la mayor parte de Sumatra, Borneo, Sulawesi e Irian Jaya. En Java central, los bosques naturales van perdiendo densidad a medida que se avanzan en dirección sureste, haciendo su aparición progresivamente las tecas y los eucaliptos. Sobre la mayor parte de las islas menores de la Sonda, la vegetación más abundante es muy similar a la que aparece en la sabana.

En el interior del país hallará también una gran variedad de vida animal. Entre los grandes mamíferos se pueden contar los elefantes, que se encuentran en Sumatra y Borneo o los rinocerontes de Java. Sin embargo, el buey salvaje, es la más conocida de las especies mayores de esta isla. Tigres, leopardos, numerosas clases de monos, cocodrilos, lagartos y serpientes de todos los tamaños se reparten por diversas zonas del país.

Una de las actividades que se ofrece a los turistas, es la observación de pájaros. El Taman Bali Nasional Bara Barat, es una reserva natural que se encuentra repartida entre Bali y Lombak. Las visitas están prohibidas a nos ser que contratemos un guía oficial, podemos estar allí doce horas o pedir un permiso oficial para pasar la noche. Otras zonas son los lagos de Buyan y Tamblingan y la montaña Gunung Batukau. Estas zonas ofrecen especies únicas, como el "Taman Burung".