La República de Burundi tiene una extensión de 27.835 kilómetros cuadrados. Limita al norte con Ruanda, al sur y al este con Tanzania y al oeste con el Lago Tanganica. Se encuentra en pleno corazón de Africa, entre Africa del este y oeste.

Administrativamente está dividido en 15 provincias: Bubanza, Bujumbura, Bururi, Cankuzo, Cibitoke, Gitega, Karuzi, Kayanza, Kirundo, Makamba, Muramvya, Muyinga, Ngnozi, Rutana y Ruyigi.

El Lago Tanganica lo comparte Burundi con la República Democrática del Congo (antiguo Zaire), Tanzania y Zambia. Es uno de los lagos más grandes y bellos de Africa, con una extensión de 32.000 kilómetros cuadrados sea uno de los más profundos del planeta. Está situado a 776 metros de altitud. También en el norte del país, junto a Ruanda, en los valles, se encuentran varios lagos de menor importancia como son Mwungera, Narungazi, Rwihinda, Cohoha, Rwera y Kanzigiri.

El relieve de Burundi es una sucesión de colinas con una altitud que varía desde los 776 metros del lago Tanganica hasta los 2.670 metros del Monte Heba y otros montes como el Kavumu (2.634 metros) y el Mukike (2.600 metros). De norte a sur la cadena montañosa Crête du Nile recorre el país.

El oeste está bordeado por el valle del río Ruzizi, río que une los lagos Tanganica y Kivu. Otro río importante es el Kagera, la fuente más sureña del Nilo.

El clima es tropical pero modificado y suavizado por la altura que hace que la temperatura media anual sea de 21 grados centígrados; incluso en la capital, donde la altura es menor, el clima es más suave debido al frescor del lago. Hay que señalar dos zonas: los alrededores del lago con clima ecuatorial, caluroso y húmedo y temperaturas medias entre 23 y 30 grados, y el resto del país con un clima suave con temperaturas entre 20 y 15 grados.

El régimen de lluvias es bastante irregular; de octubre a diciembre es la época de los chaparrones, mientras que de enero a mayo tienen lugar las grandes lluvias.