Botsuana está ubicado en el áfrica Austral, ocupando una superficie de 581.730 kilómetros cuadrados que se dividen en 13 distritos y 9 ciudades. Limita al oeste y noroeste con Namibia, al norte con Zambia, al noroeste con y con Suráfrica al sur y sureste.

La mayor parte del territorio pertenece al Desierto de Kalahari, el más meridional de Africa. El país está dividido en dos regiones separadas por una meseta de 1.200 metros de altitud. En el noroeste se encuentra la cota máxima, el Tsodilo con 1.805 metros de altura. Cada una de estas regiones posee su propia cuenca hidrográfica. Al norte están los Pantanos de Makarikari y Okavango. Entre la zona de estepa desértica, al suroeste, y los bosques del norte y noreste, hay extensas sabanas donde se explota la ganadería y la agricultura.

Los principales ríos son: al norte el Okavango y el Chobe, y al este, el Limpopo. Además Botsuana tiene dos lagos, el Ngami y Xau.

El clima varía dependiendo de la zona. En el norte es tropical, desértico en el Kalahari que ocupa la zona central y suroeste del país y templado en el resto. Las lluvias llegan de octubre a mayo y con profusión en diciembre y enero. La precipitación media en el norte es de 650 mm. y 250 mm. en el sureste. Las temperaturas máximas que se han llegado a registrar en Francistown son de 42 grados centígrados.