Tropisches Klima mit viel Regen, hohen Temperaturen und hoher Luftfeuchtigkeit. Die bergigere Südinsel ist feuchter als der Norden. Die Haupttrockenzeit ist von Anfang Juni bis Ende September, eine weitere von Ende Dezember bis Anfang Februar.

São Tomé und Principe besteht aus zwei großen Inseln (São Tomé: 836 qkm und Principe: 128 qkm) sowie aus den kleineren Inseln Cabras, Gago Coutinho, Pedras Tinhosas und Rolas, die etwa 200 km vor der Westküste Gabuns im Golf von Guinea liegen. Die Landschaft ist zerklüftet und dicht bewaldet.