Mit Ausnahme von Hokkaido und dem subtropischen Okinawa herrscht gemäßigtes Klima. Winter sind kühl und sonnig; sehr kalt kann es auf Hokkaido werden, wo bis zu vier Monaten Schnee liegen kann. Der Sommer (Juni - September) ist je nach Region warm bis sehr heiß. Mild im Frühling und Herbst. Regenfälle ganzjährig, die meisten Niederschläge fallen von Juni bis Anfang Juli. Hokkaido ist trockener als Tokyo. Taifune drohen im September oder Oktober, dauern aber selten länger als einen Tag.

Japan liegt 160 km vom asiatischen Festland entfernt. Zu Japan gehört der größte Teil der Inselkette, die der asiatischen Ostküste vorgelagert ist. Die Hauptinseln (Nord nach Süd) sind Hokkaido, Honshu, Shikoku und Kyushu. Japan ist sehr gebirgig, etwa drei Viertel des Landes bestehen aus Hügel- und Bergland. Mehrere Bergketten verlaufen von Hokkaido im Norden nach Kyushu im Süden. Die Japanischen Alpen verlaufen in nord-südlicher Richtung durch die Mitte der Insel Honshu. Der höchste Berg ist mit 3776 m der Vulkan Fuji-san (Fudschijama). Er ist einer von über 200 Vulkanen, von denen 36 in den letzten hundert Jahren noch aktiv waren. Die Tiefebenen liegen hauptsächlich in Küstennähe. Sie sind zumeist nur klein; die größte ist die Kanto-Ebene in der Bucht von Tokio. Die Küste ist im Verhältnis zur Landmasse sehr lang und die Küstenlandschaft ausgesprochen vielfältig. An den Ausläufern der Bergketten liegen tiefe Buchten mit natürlichen Häfen.